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Gli archi branchiali sono strutture ossee dello splancnocranio che sostengono le branchie nei craniati. La loro evoluzione rappresenta un tipico caso di studio nell'Anatomia comparata.

Gli archi branchiali sono sei nei gnatostomi e da sette a quattordici negli agnati. Il primo arco branchiale viene chiamato arco orale perché originerà lo scheletro della bocca. Il secondo si chiama arco ioideo e gli altri solo col proprio numero (terzo, quarto etc...). Dal III al VI gli archi branchiali sono composti da quattro ossa che in direzione dorso-ventrale sono faringo branchiale, epibranchiale, cerato branchiale, ipobranchiale, l'arco ioideo perde il faringo branchiale e l'epibranchiale viene chiamato iomandibolare che mette in comunicazione neurocranio con splancnocranio negli ittiopsidi, mentre nei tetrapodi va a comporre la staffa dell'orecchio medio. L'arco orale mantiene solo l'epibranchiale e cerato branchiale che prendono il nome rispettivamente di cartilagine del palato quadrato e cartilagine di Meckel che origineranno mascella e mandibola.